Kaum aus Zoras Reich hinaus gekommen, so begebe dich nun normal durch die Steppe nach Stadt Hyrule. Sobald du dich der geschlossenen Zugbrücke näherst, verdunkelt sich der Himmel. Es folgt eine längere Sequenz, wo Prinzessin Zelda mit ihrem Kindermädchen flieht und du auf Ganondorf triffst, der in diesen Moment sie aus den Augen verloren hat. Da du dich versuchst ihm zu stellen, demonstriert der König der Diebe seine Macht an dir, ehe er weiterreitet.

Nachdem die Sequenz endet, laufe zum Burggraben, wo Prinzessin Zelda soeben die Ocarina der Zeit hineingeworfen hat. Sobald du sie aus dem Wasser holst erfolgt eine weitere Sequenz, in der Prinzessin Zelda aus der Zitadelle der Zeit in einer Vision zu dir spricht. Sie lehrt dich die Hymne der Zeit.

Sobald du dich wieder vor den Toren der Stadt befindest, gehe in die Stadt hinein und zum Marktplatz. Dort gehe nach links an den Häusern vorbei, um den Weg zur Zitadelle der Zeit zu finden. Sie liegt rechts neben dem Maskenhändlershop und dem Magieshop.

Gehe die Treppen dort hoch, um den Abschnitt zu betreten. Laufe dort links durch den Garten der Zitadelle und betrete diese. Anschließend eile geradeaus zum Altar.

Spiele dort die neuerlernte Hymne der Zeit, sodass in einer Sequenz sich der Zugang zum Siegel des heiligen Reichs öffnet. Gehe geradeaus hindurch und Navi wird dich auf das Masterschwert hinweisen. Das letzte Siegel, welches das Tor zum heiligen Reich verschließt. Begebe dich zum Masterschwert und drücke A, um es zu ziehen.

In einer länger folgenden Sequenz erblickst du zunächst Ganondorf, der sich über deinen Zug freut, da du ihm das Tor ebenso geöffnet hast. Danach folgt ein längeres Gespräch mit dem Weisen Rauru in der Halle der Weisen. Du bist 7 Jahre gealtert um nun deine Bestimmung zu erfüllen. Rauru überträgt dir die Aufgabe, alle 6 Weisen zu suchen und überträgt dir als erster Weise des Lichts seine Macht: Das Amulett des Lichts.

Kehrst du dann in der Zitadelle zurück, triffst du automatisch in einer weiteren Sequenz auf Shiek, einen der letzten Überlebenden der Shiekah. Er unterrichtet dich, dass 5 Weisen in 5 verschiedenen Tempeln gefangen sind. Er gibt dir die Anweisung, zunächst die Weise des Waldes zu retten. Zuvor sollst du für deine Reise einen Ausrüstungsgegenstand in Kakariko suchen. Verlasse anschließend die Zitadelle der Zeit.