// Unterschiede in der japanischen Version
- Die Wahnsinns-Karte, welche euch die Fundorte der Triforce-Karten zeigt, fehlt in der japanischen Version. Diese wurde in späteren Versionen hinzugefügt, weil ansonsten die Suche nach den Triforce-Karten zu schwierig war.
- Am Ende des Verwunschenen Irrgartens auf Präludien (das Dungeon mit den 50 Ebenen) bekommt ihr kein Herzteil, sondern nur 10 Rubine als eine Art üblen Scherz. Das Herzteil befindet sich hier unter Omas Haus, wo es normalerweise 100 Rubine gibt.
- Füllt ihr alle 14 Sockel für Dekorationen auf Port Monee, bekommt ihr von Sam nur 100 Rubine anstatt einem Herzteil. Ihr müsst aber mindestens 140 Rubine ausgeben, um alle Sockel zu füllen.
- Zündet ihr das Leuchtfeuer auf Port Monee an, gibt es in der aufgedeckten Truhe nur Rubine, kein Herzteil.
- Auf der kleinen grasbedeckten Insel neben Tanntopia, welche ihr nur mit dem Deku-Blatt erreicht, bekommt ihr nicht Schatzkarte #3, sondern ein Herzteil.
- Besiegt ihr die Pyromagus auf den Wachposten bei der Isla Ursa Major, bekommt ihr Plantagranda-Samen anstatt von Schatzkarte #16.
- Auf der Hufeiseninsel bekommt ihr ein Herzteil anstelle von Schatzkarte #28.
- Auf dem Wachposten bei dem Südlichen Feen-Cordial bekommt ihr nur eine Goldfeder anstelle von Schatzkarte #40.
- Das Goldene Kanonenboot bei der Nadelfels-Insel beherbergt nicht die Triforce-Karte #5, sondern Schatzkarte #16. Diese führt zu einer versunkenen Truhe mit Schatzkarte #28, welche euch dann zu Schatzkarte #3 führt, dann zu Schatzkarte #40 und am Ende erst zu Triforce-Karte #5. Diese Kette aus Schatzkarten wurde in späteren Versionen unterlassen.
- Die vier Schatzkarten, welche den Weg zur fünften Triforce-Karte weisen, wurden in den anderen Versionen für je 200 Rubine genutzt. Das sind 800 Rubine, welche in der japanischen Version fehlen.
- Die Vase am westlichen Rand von Präludien, welche ihr mittels des Tingleceivers erscheinen lässt, beinhaltet nur 20 Rubine, nicht 100. Auch fehlen einige Vasen mit Rubinen bei den Fundorten der Triforce-Karten.
- Die unsichtbaren Wände um Schloss Hyrule waren niedriger, so dass man mit dem Dekublatt diese überwinden und sogar die umliegenden Felder betreten kann.
- Der Bildschirmtext läuft in der japanischen Version weitaus schneller ab. Auf die Gesamtlänge des Spiels spart ihr hier bis zu 19 Minuten.