In einen Land namens Hyrule erzählt man sich die Geschichte von dem Dämonenkönig: Einst, bevor die Menschen das Land besiedelten, überschattete er das friedliche Land der Götter und brachte Finsternis und Verderben. Die Götter stellten sich ihm entgegen und nach einer Ewigkeit besiegten sie ihn. Mit ihrer letzten Kraft bannten sie den Dämonenkönig und sperrten ihn in einen Turm, den Turm der Götter. Seine Ketten durchziehen das ganze Land... es sind die Schienen, die sich heute durch das Reich Hyrule ziehen. Spirit Tracks spielt 100 Jahre nach den Ereignissen von The Wind Waker und Phantom Hourglass – so haben die Piraten und Link ihr neues Land wohl gefunden und es Hyrule getauft. Was mit ihnen passiert ist und wohin sie gegangen sind, ist nicht bekannt und verliert sich in der Geschichte... bis auf einen: Es ist Großvater Niko, der seinem Enkel Link die Legende des Dämonenkönigs zeigt.

Heute ist kein normaler Tag für Link: Er soll zusammen mit seinem Lehrmeister Ferro nach Schloss Hyrule aufbrechen, um an seiner Zeremonie zum Lokführer teilzunehmen. Nachdem Ferro sich bei ihm Zuhause erkundigt hat, wo er denn wieder bleibt, begibt sich sein Schüler in Richtung Bahnhof. Unterwegs erklärt ihm Ferro noch einmal alles Wichtige über die Bedienung des guten Zuges, ehe sie in Hyrule Stadt Halt machen. Voller Tatendrang eilt Link zum Schloss – und muss sich gleich den skeptischen Wachen stellen.

Zum Glück erscheint der Minister von Glaiss, der Link bereits erwartet hat und ihn zur Prinzessin führt. In einer feierlichen Zeremonie überreicht sie ihm sein Diplom zum Lokführer, dass der junge Link mit Freuden entgegen nimmt. Es ist einer der schönsten Tage in seinem Leben. Doch irgendwas stimmt nicht...

Prinzessin Zelda übergibt ihm heimlich einen Brief, ehe Glaiss die Zeremonie schnell beendet. Nachdenklich öffnet Link ihren Brief, in dem sie ihn zu sich in ihr Gemach bittet. Heimlich schleicht er sich an den Wachen vorbei, anstatt das Schloss zu verlassen. Die Prinzessin ist etwas verunsichert, als Link schließlich zu ihr kommt, fasst jedoch mutig einen Entschluss: Link soll ihr tatsächlich helfen, aus dem Schloss zu entkommen – denn der Minister Glaiss lässt sie nicht gehen. Zelda möchte zum Turm der Götter.




Dort, am Turm der Götter, soll eine weise Frau leben, die Zelda weiterhelfen soll. Link beschließt, ihr dabei zu helfen und nimmt von ihr das Rekrutengewand an, mithilfe dessen er an den Wachen ungehindert vorbei kommen kann. Vorsichtig gelingt es ihnen beiden, das Schloss zu verlassen. Eilig durchqueren sie die Stadt in Richtung Bahnhof, wo die Prinzessin Lokführer Ferro um Hilfe bittet. Offensichtlich scheinen sich Ferro und die Prinzessin zu kennen: Ferro war einst ein legendärer Schwertkämpfer...

Gemeinsam fahren sie davon, in Richtung des Turms. Doch mitten auf der Fahrt lösen sich plötzlich die Schienen auf. Link gelingt es nur noch scharf zu Bremsen ... Gestandet in der weiten Prärie von Hyrule, zerbricht der Turm der Götter vor ihren Augen. Ein gigantischer Geisterzug erscheint, ehe Glaiss aufkreuzt und sein wahres Gesicht zeigt: Als dämonischer Minister von Glaiss hat er einen teuflischen Plan. Er scheint für das Verschwinden der Schienen und den zerstörten Turm verantwortlich zu sein... und benötigt nun den Körper der Prinzessin. Ferro hat hingegen genug von den Drohungen und stellt sich dem Minister entgegen. Doch Ferro ist für Glaiss kein Problem – er lässt seinen Helfer namens Delok die Arbeit verrichten. Es ist ein kurzer Kampf, ehe Ferro gegen den Zug geschleudert und bewusstlos wird. Mutig versucht Link Zelda vor Delok zu beschützen, doch vergeblich: Eine dunkle Macht ergreift Zelda und lässt sie zu Boden sinken. Machtlos muss Link mitansehen, wie Glaiss und Delok die Prinzessin fortnehmen.

Als Link wieder das Bewusstsein erlangt, befindet er sich zusammen mit Ferro im Schloss. Ein alter Mann namens Albert erzählt dem Jungen, man habe sie beide in der Steppe, in der Nähe des Turms, gefunden. Link versucht ihm das Verschwinden von Zelda zu erklären, doch Albert glaubt ihm nicht. Niedergeschlagen geht Link aus dem Zimmer und will das Schloss verlassen... da sieht er tatsächlich die Prinzessin. Doch... sie ist ein Geist!

Vergeblich versucht sie ihre treuen Diener im Schloss auf sich aufmerksam zu machen, aber diese sehen die Prinzessin nicht. Link folgt ihr in ihr Zimmer, worauf Zelda erkennt, dass Link sie sehen und hören kann. Die Prinzessin kann ihren aktuellen Zustand als Geist nur mit schwerem Herzen so hinnehmen: Warum haben Glaiss und seine Helfer den Turm der Götter verwandelt und die Schienen verschwinden lassen? Und warum benötigen sie ihren Körper? Zelda glaubt, dass die Flöte des Landes – ein Instrument, welches schon seit Generationen in ihrer Familie weitergegeben wird – sie beschützen kann. Sie gibt die Flöte Link, mit der Bitte, erneut zum Turm zu gehen. Nach einigen Schwierig- keiten, in der sich Link auch ein Schwert und Schild aneignet, erreichen sie über eine Höhle den Turm der Götter. Dort begegnen sie tatsächlich einer weisen Frau: Ihr Name ist Shiene und sie entstammt dem Volk der Lokomo, die als Boten der Götter das Land bewachen. Es ist ihr Verdienst, dass der Turm der Götter noch nicht zusammengefallen ist.

Shiene kann Zelda ebenso sehen und macht die beiden Kinder darauf aufmerksam, dass Glaiss versucht, den Dämonenkönig Marardo zu erwecken. Zeldas Körper soll dem Dämonenkönig als neuer Körper dienen – denn zusammen mit der Macht ihres Körpers könnten nicht einmal die Götter Marardo aufhalten. Völler außer sich, bittet Zelda Link, Marardo aufzuhalten und ihren Körper zurück zu holen. Doch Shiene weist die Prinzessin zurecht, dass sie Link begleiten muss. Nur gemeinsam können sie schrittweise die Schienen des Landes wiederherstellen und den Turm seine alte Kraft zurückgeben.

Zusammen mit dem Zug der Götter, den Shiene Link überlässt, können sie das Land vor dem Untergang bewahren, indem sie die anderen Lokomos suchen und die Kraft der Tempel nutzen. Können sie Glaiss davon abhalten, den Dämonenkönig zu befreien? Wird Ferro wieder gesund und kann Zelda ihren Körper zurück gewinnen, ehe Marardo ihren Platz einnimmt? Ein neues Abenteuer steht ihnen bevor.