The Legend of Zelda: Skyward Sword spielt zu Beginn der Saga und legt den Grundstein für deren Fortführung. Skyward Sword erzählt die Erschaffung des Master-Schwerts, jener uralten, mächtigen Waffe, die seit jeher ein fester Bestandteil der Serie ist. Alles beginnt im Wolkenhort, einer Stadt, die auf einer schwebenden Insel hoch über der undurchdringlichen Wolkendecke erbaut wurde. Der junge Link ist ein Schüler der dort ansässigen Ritterakademie und bereitet sich gerade auf seine Teilnahme beim berühmten Vogelflug-Wettbewerb vor. Dessen Sieger darf an einer besonderen Zeremonie teilnehmen, der auch Zelda beiwohnt. Link und Zelda sind seit Kindertagen befreundet und hatten schon immer eine besondere Bindung. Den Sieg des Wettbewerbs wollen ihm seine Schulkollegen nicht so leicht machen:

Schulhof-Tyrann Bado ist Links Erzfeind. Er gilt als stärkster Konkurrent im Vogelflug-Wettbewerb und ist eifersüchtig, weil sich Link und Zelda so gut verstehen. Nachdem Bado und seine Bande Links karmesinroten Vogel entführen und einsperren, gelingt es Link und Zelda nach langer Suche rechtzeitig, diesen zu befreien, sodass Link schließlich doch an dem jährlichen Vogelflug-Wettbewerb teilnehmen kann.

Er gewinnt tatsächlich und darf mit Zelda an der Zermonie der Göttin teilnehmen. Gemeinsam machen die beiden anschließend mit ihren Vögeln einen Ausflug in die Lüfte und Zelda gesteht Link, wie sehr er ihr am Herzen liegt. Doch dann wird seine Freundin von einem dunklen Tornado erfasst und in die Tiefe gerissen.

Als Link wieder im Wolkenhort erwacht, erzählt ihm Gepora, Zeldas Vater, was passiert ist. Kurz darauf trifft Link auf die geheimnisvolle Phai, der Geist des mächtigen Schwerts der Göttin. Sie führt ihn zur Ruhestätte des Schwerts, worauf Link das Schwert der Göttin zieht und zum Auserwählten der Göttin wird. Fortan begleitet ihn Phai und gemeinsam brechen sie auf ins Erdland, um nach Zelda zu suchen. Der Wald von Phirone ist der erste Ort, den Link besucht, nachdem er den Wolkenhort verlässt. Damit ist er der erste Bewohner der schwebenden Insel, der je den Erdboden kennengelernt hat – eine merkwürdige Erfahrung für den Helden. Er durchquert den Wald so schnell wie möglich und macht sich auf den Weg zum Tempel des Himmelsblicks, wo er die verschollene Zelda vermutet.

Dort trifft Link auf Dunkelfürst Ghirahim, der ebenfalls auf der Suche nach Zelda ist, die seinem Tornado entkommen ist. Doch Zelda ist ihm durch die Hilfe der Dienerin der Göttin, Impa, entkommen... . Nachdem Ghirahim verschwunden ist, folgt Link weiter den Spuren seiner treuen Freundin, sein Abenteuer verbindet auf ganz besondere Art erstmals seit vielen Jahrhunderten das Wolkenmeer und das Erdland. Der junge Held muss Zelda finden, bevor Ghirahim ihm zuvor kommt. Denn er will den Dämonenkönig erwecken, eine grausamen Bestie, die im Siegelhain verbannt allmählich auszubrechen droht... .