In Phantom Hourglass lassen sich insgesamt 20 Weisheittropfen finden, welche überall
auf der Welt verstreut sind. Bringt ihr sie zur Insel der Lichtgeister, die sich südlich von Molude befindet, könnt ihr euren Lichtgeist der Weisheit stärken.

Für 10 Tropfen der Weisheit wird euer Schild und eure Abwehrkraft gestärkt. Ihr könnt euch nun gegen stärkere Angriffe wie die der Strahlzyklopen verteidigen und nehmt nur noch halb so viel Schaden. Bringt ihr 20 Weisheittropfen zur Insel der Lichtgeister, wird der Schaden durch feindliche Angriffe sogar auf ein Viertel reduziert. Ihr könnt jeweils nur die Fähigkeiten eines Lichtgeistes nutzen. Nutzt den Sammlungsbildschirm, um zwischen den Lichtgeistern zu wechseln.

#01. Terri-Händler In Terris schwimmenden Laden gibt es einen Weisheittropfen für 500 Rubine im Angebot. Holt ihn euch, sobald ihr genügend Rubine übrig habt. Dies kann man ruhig erst später im Spiel machen, sobald man das nötige Kleingeld dafür hat. Am Anfang des Spiels empfiehlt es sich eher, das Geld für andere Dinge zu sparen.

#02. Sauz' Insel Rechts neben Sauz' Hütte steht eine kleine Truhe auf einer Anhöhe. Nehmt euch eines der Hühner hier und fliegt von Sauz' Haus aus zur Truhe hin, um sie zu erreichen. Der Inhalt bereichert euch mit einem weiteren Weisheittropfen.

#03. Insel des Windes In der großen Höhle im Zentrum der Insel, welche zum Eingang des Tempels führt, gibt es eine Halle voller Teufelchen, wo auch eine Schatztruhe mit einem Weisheittropfen steht.

#04. Postbote Nachdem ihr den Tempel des Windes abgeschlossen habt, könnt ihr euch mit den Bomben den Weg zur östlichen Hälfte der Insel Bonun durch die Höhle bahnen. Hier trefft ihr auf Salvatore, der euch ein Minispiel bestreiten lässt, wo ihr mit eurem Boot auf Zielscheiben feuert. Spielt einmal mit und ihr erhaltet später einen Brief von Salvatore mit einem Tropfen der Weisheit.

#05. Insel des Feuers Sobald ihr den Tempel des Windes abgeschlossen habt, kehrt zur Insel des Feuers zurück. Stattet hier Astrid nochmal einen Besuch ab und lasst euch die Zukunft vorhersagen. Dafür, dass ihr den Lichtgeist der Weisheit befreit habt, schenkt sie euch einen Weisheittropfen.

#06. Insel Melka Sobald ihr die Bomben erhalten habt, könnt ihr im nordöstlichen Teil der Insel Melka eine versteckte Höhle öffnen. Zieht zwischen dem Tempel des Meereskönigs und der kleinen Insel im Nordosten eine Linie und begebt euch ungefähr zum Mittelpunkt dieser Linie, also der obere Bereich von dem Gebiet. Die Wand links neben dem vereinzelten Baum ganz im Norden lässt sich sprengen, obwohl hier kein Riss zu sehen ist. Dahinter gelangt ihr zu einer breiten unterirdischen Brücke, welche euch auf die kleine Insel im Nordosten führt. Oben auf der Insel trefft ihr auf Taresan, welcher drei Boxen verwaltet, wo man im Contact Mode Schätze und Schiffsteile tauschen kann. Rechts neben den drei Boxen steht eine Truhe mit dem Weisheittropfen.

#07. Insel Molude Wenn ihr hinter der Tür, welche sich nur mit dem Sonnenschlüssel öffnen lässt, wieder an die Oberfläche gelangt, könnt ihr eine dunkle Stelle auf dem grünen Boden entdecken. Grabt dort mit eurer Schaufel, um ein Loch freizulegen, welches euch zu einer kleinen Truhe mit einem Tropfen der Weisheit führt.

#08. Tempel des Mutes, K1 Im Nordosten der Etage gilt es, mittels eines Pfeilkristalls die roten Blocke zu senken. Wenn ihr den Pfeilkristall hier dann noch nach oben ausrichtet und einen Pfeil darauf schießt, könnt ihr zudem einen Augenschalter aktivieren, welcher eine kleine Truhe mit einem Weisheittropfen erscheinen lässt.

#09. Insel Bonun Nach eurer ersten Begegnung mit Jolene erhaltet ihr einen Brief von ihr, der aber eigentlich an ihre Schwester Joanne gerichtet ist. Begebt euch damit zur Insel Bonun und gebt ihn der Meerjungfrau. Als Dank gibt es einen Weisheittropfen.

#10. Tempel des Meereskönigs, K9 Im neunten Kellergeschossen treiben vier Wizzrobes ihr Unwesen, die euch mit jedem Treffer Zeit aus eurer Sanduhr abziehen. Lasst sie an euch herankommen, indem ihr ihnen den Rücken zudreht, und schlagt im richtigen Moment zu. Sind alle vier besiegt, erscheint im Zentrum eine große Truhe mit einem Weisheittropfen.

#11. Goroneninsel Diesen Tropfen erhält man, wenn man bei Biggoron alle fünf Fragen richtig beantwortet.

#12. Tempel des Eises, 2S Nachdem ihr im zweiten Obergeschoss die höhere Ebene erreichen und dort den Rot- Blau-Schalter betätigen konntet, könnt ihr nun ganz im Westen, direkt über dem Rot- Blau-Schalter, eine kleine Truhe hinter drei blauen Blöcken erreichen. Öffnet sie für einen Weisheittropfen.

#13. Tempel des Eises, K1 Sobald ihr im ersten Kellergeschoss den Schlüssel für die Kammer im Nordosten erhalten habt, findet ihr dort drin eine kleine Truhe mit einem Weisheittropfen.

#14. Insel des Frosts Wenn ihr den Greifhaken habt, könnt ihr vom Hafen aus die Truhe links oben erreichen. Nehmt hier einfach die Stufen auf die kleine Anhöhe und zieht euch einfach zu der Truhe weiter oben.

#15. Postbote Habt ihr den Tempel des Eises absolviert, erhaltet ihr einen Tag später (basierend auf der internen Uhr eures Nintendo DS Systems) einen Brief von Ario. Dazu gibt es einen Weisheittropfen.

#16. Tempel des Meereskönigs, K2 In der nordwestlichen Ecke des zweiten Untergeschosses lässt sich eine Wand aufsprengen. In der Schutzzone dahinter findet ihr neben einem goldenen Krug auch ein Loch für eure Krabbelminen. Steuert eine Mine an der Stachelwalze vorbei, um den Schalter rechts zu treffen. Im Osten erscheint dann eine große Schatztruhe mit einem Weisheittropfen.

#17. Labyrinthinsel Absolviert in diesem Minispiel den Anfängerlevel, um diesen Tropfen der Weisheit zu gewinnen.

#18. Labyrinthinsel Im östlichen Teil der Labyrinthinsel gibt es eine ummauerte Schatztruhe, welche einen Weisheittropfen enthält. Den unteren Teil der Mauer könnt ihr mit einer Bombe sprengen. Dies könnt ihr gerne schon während des Minispiels erledigen, aber sobald ihr alle drei Stufen absolviert habt, dürft ihr euch frei auf der Insel bewegen - diese Gelegenheit ist perfekt, um sich den Tropfen zu holen.

#19. Insel der Ruinen Nachdem ihr den Wasserstand gesenkt habt, bleibt bei der Pyramide auf dem oberen Bereich und nehmt wieder die Brücke über die Schlucht mit den rollenden Felsen. Direkt dahinter könnt ihr nun eine neue Höhle entdecken, zu der ein paar Stufen führen. Da drin erwarten euch einige verstreute Rubine und eine kleine Truhe mit einem Weisheittropfen.

#20. Insel der Ruinen Bevor man zu der Pyramide im Süden gelangt, muss man ein zweites Mal mit einem Felsbrocken den Weg frei räumen, indem man ihn die Stufen runter rollen lässt. Tut man dies in Richtung Osten, kann man eine kleine Truhe erreichen. Schiebt den Felsbrocken dafür zunächst ein Feld nach oben, so dass er auf den hellen Steinplatten liegt. Schiebt ihn dann nach rechts, damit er über die Brücke rollt und den Felsbrocken am anderen Ende zerschmettert. Dahinter wartet dann die Truhe mit dem letzten Weisheittropfen.