In Phantom Hourglass lassen sich insgesamt 20 Muttropfen finden, welche überall
auf der Welt verstreut sind. Bringt ihr sie zur Insel der Lichtgeister, die sich südlich von Molude befindet, könnt ihr euren Lichtgeist der Kraft stärken.

Für 10 Krafttropfen wird euer Schwert mit Flammen umhüllt, welches dadurch doppelten Schaden anrichtet. Bringt ihr 20 Krafttropfen zur Insel der Lichtgeister, wird der Schaden sogar vervierfacht. Ihr könnt jeweils nur die Fähigkeiten eines Lichtgeistes nutzen. Nutzt den Sammlungsbildschirm, um zwischen den Lichtgeistern zu wechseln.

#01. Laden von Melka Den ersten Krafttropfen könnt ihr im Laden von Melka für 500 Rubine kaufen. Das Geld sollte man sich aber am Anfang des Spiels noch sparen und bis später warten.

#02. Insel des Feuers Diesen Tropfen schenkt euch Astrid, nachdem ihr den Tempel des Feuers hinter euch gebracht habt.

#03. Kanoneninsel In der Höhle im Südwesten gibt es in der rechten unteren Ecke eine rissige Wand. Holt euch eine der Donnerblumen von weiter vorne und sprengt den Riss auf, um dahinter eine Truhe mit einem Krafttropfen zu entdecken.

#04. Insel des Windes In dem Gebiet westlich des Eingangs zum Tempel findet ihr eine Truhe auf einer kleinen Anhöhe. Um nach oben zu gelangen, muss man nur den Luftstrom davor mit der Schaufel ausgraben.

#05. Tempel des Windes, K2 In der großen Sandhalle im zweiten Kellergeschoss findet man ganz im Westen eine vereinzelte Truhe mit diesem Tropfen der Kraft.

#06. Insel Melka Nachdem ihr den Tempel des Windes absolviert habt, geht nochmal zurück zu Großvater Siwan. Er schenkt euch einen Tropfen der Kraft.

#07. Insel Melka Sobald ihr die Bomben erhalten habt, begebt euch wieder zum Tempel des Meereskönigs. Bevor ihr den Eingang erreicht, fällt euch unten eine rissige Wand auf, welche ihr mit Bomben aufsprengen könnt. In der Höhle dahinter springt über das Wasser, um am anderen Ende eine kleine Truhe mit dem Tropfen zu entdecken.

#08. Tempel des Meereskönigs, K4 Auf dem vierten Untergeschoss patrouillieren insgesamt drei Phantomaugen. Wenn ihr sie alle besiegt, erscheint im Osten eine große Truhe mit dem Tropfen.

#09. Tempel des Mutes, EG In der nordwestlichen Ecke des Erdgeschosses könnt ihr zwei Truhen in einer Kammer entdecken. Sprengt hier zwischen den beiden Steintafeln mit euren Bomben die Wand auf und öffnet die rechte Truhe für einen Krafttropfen.

#10. Tempel des Mutes, S1 Im südlichen Bereich des ersten Obergeschosses macht man im Zentrum eine Fahrt über mehrere Schwebeplattformen. Hier findet man oben an der Wand zwei Augenschalter, aktiviert man beide mit dem Bogen, erscheint dazwischen eine kleine Truhe mit dem Tropfen.

#11. Tempel des Meereskönigs, K3 Wenn man bei den Sockeln für die Force-Kristalle nach rechts läuft, gelangt man zu einem Augenschalter an der Wand. Hat man den Bogen dabei, lässt sich dieser von der Anhöhe mit den zwei Bodenschaltern, welche die Falltüren bedienen, aus aktivieren. Grabt einfach rechts unten den Luftstrom aus, um schnell auf die Anhöhe zu kommen. Neben den drei Sockeln erscheint dann eine Truhe mit einem Krafttropfen.

#12. Tempel des Meereskönigs, K7 Nachdem man den runden Kristall gefunden hat, geht es rechts weiter. Direkt neben der Schutzzone auf der anderen Seite des Abgrunds steht ein Holzpfahl. Wartet, bis das rote Phantom hier sich nach Süden wendet, stellt euch dann auf den Pfahl und zielt mit Bumerang oder Bogen rechts unten auf den Kristallschalter auf der Mauer. Ein kleines Stück südlich von dem Schalter erscheint nun für wenige Sekunden eine großen Truhe mit dem Tropfen, welchen ihr euch schnell holen solltet.

#13. Goroneninsel Im Nordosten der Insel findet ihr eine Art Irrgarten aus Stein, welchen man auf dem Weg zum Goronentempel durchqueren muss. Im linken unteren Bereich gibt es einen Bodenschalter, der weiter links eine Stachelbarriere vor einer kleinen Truhe senkt. Wenn ihr am Ausgang des Labyrinths angekommen seid, biegt sofort nach unten ab, wo ihr dann zu der Truhe gelangt.

#14. Insel des Frosts Sobald man den Greifhaken hat, kann man links neben dem Eingang zum Tempel des Eises nach oben klettern, indem man sich auf einen Pfahl stellt und sich dann zum nächst höheren Pfahl zieht. Weiter unten könnt ihr euch dann auf die östliche Seite ziehen. Von hier oben aus kann man auf eine ansonsten unerreichbare Anhöhe hinunter springen, auf der eine kleine Truhe steht. Öffnet die Truhe für den Tropfen.

#15. Insel Molude Sobald ihr den Greifhaken besitzt, fahrt zurück nach Molude und betretet wieder die Höhle neben der Hütte im Nordosten des Dorfes. Folgt nun wieder den Plattformen, die über das Wasser führen, doch haltet bei der letzten Plattform an. Hier könnt ihr euch mit dem Greifhaken weiter rechts zu einer Truhe ziehen, welche einen Krafttropfen enthält.

#16. Insel der Lichtgeister Mit dem Greifhaken könnt ihr euch nun rechts vom Hafen aus auf die östliche Seite der Insel ziehen. Bahnt euch hier den Weg an Oktoroks, Raubschleimen und Rubinschleimen vorbei, um schließlich zu einer kleinen Truhe mit einem Krafttropfen zu gelangen.

#17. Insel Bonun Direkt rechts neben den Hafen könnt ihr eine kleine Insel mit einer kleinen Truhe darauf entdecken. Diese erreicht ihr mit dem Greifhaken.

#18. Insel der Toten Grabt im Bereich rechts unter dem Pfeiler mit dem Kristallschalter (genau 13 Felder West und 7 Nord vom Baum am Zipfel im Südosten aus), um das Loch zu öffnen, welches zum "Auge des Königs" führt. Gleich hier zu Beginn der Untergrundpassage könnt ihr die Wand oben aufsprengen und dahinter eine Versteck finden, wo u.a. eine Truhe mit einem Krafttropfen wartet.

#19. Insel der Ruinen Sobald der Wasserstand der Insel gesenkt wurde, kann man im Südwesten das Labyrinth betreten. In der Ecke rechts oben steht eine kleine Truhe mit dem Tropfen.

#20. Postbote Sobald man Mutohs Tempel abgeschlossen hat, erhält man am nächsten Tag (in Echtzeit, der Kalender des Nintendo DS Systems zählt) einen Brief von König Mutoh mit einem Krafttropfen als Anhang.