Hast du den letzten Weisen aus dem Tempel befreit, wird Rauru dich ansprechen. Er nennt dir Zeldas Standpunkt an der Zitadelle der Zeit. Genau zu dieser gehst du nun hin und sobald du jenen Ort auch erreichst, beginnt eine automatische Sequenz.

Shiek erscheint, der dir den letzten Teil der Legende um das Triforce erzählt, dass es sich in drei Teile teilt und die Legende mit Ganondorf wahr wurde. Ganondorf sucht nun als Besitzer des Fragments der Kraft die beiden anderen Träger.

Schon wird sich Shiek als Prinzessin Zelda enttarnen und dir den Grund für die Versteckspielerei erklären. Nachdem sie dir noch mal ihre Version der Erlebnisse der Flucht und der restlichen 7 Jahre erzählt, überreicht sie dir am Ende die Lichtpfeile, die Ganondorf töten sollen.

Kaum hat sie aber mit dir den Plan gefasst und dir die Waffe überreicht, bebt die Zitadelle und Ganondorf nimmt Prinzessin Zelda gefangen. Er nimmt sie mit und fordert dich heraus, dich ihm zu stellen.