Vor langer Zeit... bevor das Leben begann und die Welt eine Form hatte, stiegen drei goldene Göttinnen auf das chaotische Land von Hyrule hinab: Din, die Göttin der Kraft, Nayru, die Göttin der Weisheit und Farore, die Göttin des Mutes. Din, mit ihren heißen Odem, formte das Land. Nayru goss ihre Weisheit auf die Erde, um die Gesetze der Welt zu schaffen. Die reiche Seele von Farore erschuf alle Lebensformen, welche sich die Weisheit zu nutzen machen konnten und sie ehrten. Als die drei Göttinnen ihr Werk vollbracht hatten, kehrten sie gen Eden zurück und hinterließen das Zeichen der göttlichen Vorhersehung: Das Triforce. Wo das Triforce ruhte, nannte man es das goldene Land.

Im tiefen Wald, südwestlich von Hyrule, wacht der Große Dekubaum als der Wächter der Götter über den Frieden des Landes. Die Kinder des Waldes, die Kokiri, leben an Seite mit dem Großen Dekubaum. Es sind Feenkinder: Jeder Kokiri besitzt seit Geburt seine eigene Fee, die das Herz jenes Kindes vor Dunkelheit schützt. Außer einen von ihnen. Der Name dieses Jungen ist Link.

In der Frühe eines Morgens hat der kleine Junge ohne Fee einen Alptraum. Es ist derselbe Alptraum, der ihn jede Nacht plagt. Während eines Sturms würde er sich vor einem mysteriösen Schloss finden. Ein Reiter zu Pferd galoppiert mit einem schönen Mädchen davon. Das Mädchen würde zu Link schauen und sie rief etwas zu ihm - aber Link kann ihre Worte nicht hören. Dann erscheint ein anderer Reiter: Ein großer Mann, vollkommen gekleidet in einer pechschwarzen eisernen Rüstung, blickt bedrohlich zu Link herab.




Doch plötzlich bricht der Traum an dieser Stelle ab: "Hey Link. Steh auf. Der Große Dekubaum will mit dir sprechen!" Als Link an diesem Morgen seine Augen öffnet, sieht er nur eine Fee vor ihm fliegen. Sie stellt sich ihm als Navi vor. Navi wurde gesandt, um Link zum Großen Dekubaum zu begleiten. Er ahnt noch nicht, wie sehr sein Traum bald Wirklichkeit werden würde.

Ganondorf, Gerudo und König des Wüstenvolkes, versucht den Eingang zum Heiligen Reich zu finden, um vom Triforce Besitz zu ergreifen. Der junge Link - zu diesem Zeitpunkt nur ein kleiner Junge - soll das verhindern. Er wird vom sterbenden Dekubaum ausgesandt, die drei heiligen Steine zu finden und mit der Okarina der Zeit und mithilfe von Prinzessin Zelda das Portal vor Ganondorf zu öffnen, um selbst mit der heiligen Macht den Diebeskönig zu bannen.

Jedoch sorgt Ganondorf in Links Abwesenheit für einen Staatsstreich, überfällt Hyrule und ersticht den König von Hyrule um selbst König zu werden. Prinzessin Zelda entkommt, muss jedoch Link den Auftrag überlassen, Ganondorf mithilfe des Triforce zu bannen. Unglücklicherweise ermöglicht Link es erst Ganondorf, ins Heilige Reich einzudringen und das Triforce-Fragment der Kraft zu rauben. Als Großmeister des Bösen bringt der König der Gerudos nun Finsternis über Hyrule. Einer der sieben Weisen, Rauru, lässt Link in einen siebenjährigen Schlaf fallen, damit er anschließend erwachsen und stark genug ist, um Ganondorf zu bezwingen.

Bevor Link jedoch Ganondorf entgegentreten kann, muss er fünf Tempel aufsuchen und dort die restlichen Weisen finden und sechs Amulette sammeln, von denen er eines von Rauru erhält. Licht, Wald, Feuer, Wasser, Schatten und Geister sind die sechs tragenden Elemente, die Link benötigt, um Ganondorfs Festung zu betreten. Dabei muss er feststellen, dass die Dunkelheit Ganondorfs in der Zukunft für eine Menge Chaos gesorgt hat. Viele Feinde erwarten ihn - aber er gewinnt auch neue Freunde.

Um die anderen fünf Weisen zu finden, die Ganondorf außer Kraft gesetzt hat, muss Link immer wieder durch die Zeit reisen um als Erwachsener und als Kind die verschiedenen Aufgaben zu bewältigen. Nur so kann er letztendlich Prinzessin Zelda finden und ihr gemeinsames Land retten.